Peter Heilker wurde in Mülheim/Ruhr geboren. Er studierte Theaterwissenschaft, Neuere deutsche Literatur und Psycholinguistik in München und arbeitete ab 1994 bei der Münchener Biennale für Neues Musiktheater. 1998 bis 2008 war er Dramaturg, ab der Spielzeit 2006/07 Leitender Dramaturg an der Bayerischen Staatsoper München. Er unterrichtete an der Hochschule für Musik und Theater in München im Studiengang Regie und war als Produktionsdramaturg u. a. in Zusammenarbeit mit Jürgen Rose und Christof Loy beim Glyndebourne Festival, an der Deutschen Oper am Rhein und an der Bayerischen Staatsoper tätig.

Von 2008 bis 2021 war Heilker Operndirektor am Theater St. Gallen und verantwortete ein Musiktheaterprogramm mit einem breiten Spektrum aus Oper, Operette, Musical und Tanz. Seine Programmierung war von selten gespielten Werken des 19. und frühen 20. Jahrhunderts sowie Ur- und Erstaufführungen geprägt. Er verpflichtete Regisseur*innen wie Tobias Kratzer, David Alden, Lydia Steier oder Vera Nemirova.